Enquanto a poeira abaixa em Gotham, Batman é atraído de volta à Arkham City pela sua última e remanescente super criminosa: Harley Quinn. Agora, mais perigosa que nunca e liderando sua própria gangue de homicidas, ela está realmente disposta a se vingar contra o Cavaleiro das Trevas.
Batman Arkham City: Harley Quinn’s Revenge leva os jogadores novamente para a mega prisão urbana para encarar seu desafio final. Jogando tanto como Batman ou Robin, os jogadores devem utilizar as habilidades únicas de cada herói para descobrir o plano vingativo de de Harley e fechar o livro de Arkham City para sempre.